腸型貝赫切特綜合征通常先出現貝赫切特綜合征的癥狀，口腔黏膜潰瘍及外陰部潰瘍最為常見，以后再出現腸道病變、消化道因多發性潰瘍而出現腹痛等癥狀就診。腸道病變的診斷主要依靠內鏡和鋇灌腸檢查。內鏡見到腸管黏膜特別在回盲部有邊緣清楚的圓形或近似圓形的單個或多個潰瘍，為其特征性改變。潰瘍底部大多覆以黃白苔，由于腸管變形，潰瘍的觀察往往不太容易。X線檢查常在回盲部發現黏膜集中的潰瘍龕影，腸型貝赫切特綜合征半數以上的病例不出現眼部癥狀，所以在診斷時要詳細地詢問病史。對于少數患者最初以腸道潰瘍起病，往往難以確診。貝赫切特綜合征無特異血清學檢查，有時有輕度球蛋白升高，血沉輕、中度增快。