病毒的靶器官以神經系統、肌肉和其他系統為主。
其中脊髓灰質炎病毒可損害脊髓前角運動神經細胞，導致脊髓灰質炎即小兒麻痹癥。
手足口病：柯薩奇A16病毒，新型腸道病毒71。
皰疹性咽峽炎：柯薩奇A病毒。
心肌炎及心包炎：柯薩奇B病毒。
無菌性腦炎：柯薩奇B病毒、ECHO病毒。
新生兒全身感染性疾病：柯薩奇B病毒、ECHO病毒。
