1.菌群分析
為主要檢查方法,有定性分析和定量分析2種。
（1）定性分析 與一般微生物學檢查相同,如葡萄球菌炎糞便涂片革蘭染色可發現成堆的陽性葡萄球及中性多形核細胞,糞便培養可有大量葡萄球菌生長。白色念珠菌性腸炎可采取其病理材料直接涂片,經氫氧化鉀溶液處理并革蘭染色,鏡檢可見成簇的卵圓形白色念珠菌。革蘭染色陽性,細胞內著色不均勻、細菌培養可形成奶油色表面光滑細菌樣落,帶有酵母氣味。但除三度比例失調（即菌群交替癥）能檢出外,其他比例失高則難以分析。
（2）定量檢查 首先需將糞質均質化,并按一定比例稀釋,培養后還須計算各類細胞菌落計數以求出細菌總數值,手續麻煩,一般實驗室很少采用。培養方法除需氧培養外,必要時尚需厭氧培養,需氧培養與一般細菌培養相同,厭氧培養則采用生物厭氧法或厭氧缸法。
2.結腸鏡檢查
腸黏膜呈彌漫性充血、水腫、血管分支模糊不清或消失。有散在的糜爛潰瘍及出血,有時可見黃色假膜附著。