1、 細菌生長過盛：胃腸道的解剖和生理學異常會導致近段小腸內結腸型叢增殖，而出現各種代謝紊亂，包括脂肪瀉，維生素缺乏和碳水化合物吸收不良。并可伴發生于小腸假性梗阻、硬皮病、糖尿病性植物神經病變、慢性營養不良等。小腸內細菌生長過盛，其多種厭氧菌（主要有類桿菌、雙岐桿菌、韋榮氏球菌、腸球菌和梭狀芽胞桿菌）能水解結合膽鹽，導致微膠粒形成障礙、肝硬化、無明顯代謝紊亂的低胃酸癥等。結腸菌叢的改變能導致因廣泛小腸切除后伴有神經功能不全的D-乳酸性酸中毒。應用廣譜抗生素，尤其是氯林可霉素和氨芐青霉素能使艱難梭菌增殖，產生一種蛋白質霉素，引起結腸黏膜壞死和潰瘍，稱為假膜性結腸炎。
2、 細菌產生IgA分解酶：溶血性鏈球菌屬、綠色鏈球菌、肺炎鏈球菌屬、流感嗜血桿菌屬、腦膜炎雙球菌，淋病雙球菌屬等菌能夠產生分解IgA的蛋白酶，并能分解人血清中的IgA1和初乳中的分泌型IgA。其中前2例細菌是構成口腔內菌群的主要菌種，后4種則為附著黏膜表面增殖的毒力性強的致病菌。由此可見，IgA蛋白酶對于這些細菌在黏膜表面作為常住菌生存或致病都是至關重要的。
3 、腸道叢與結核癌：結腸菌叢產生多種具有代謝活性的酶類，在一些自然產物、食物保存劑、染料、添加劑及污染物質變為致突變物質的反應中起媒介作用。許多細菌可因長期接觸底物而使細菌酶系系統活性增高。若此底物為致癌物原，則長期接觸可使致癌物質的產生增加