一、糞便直接涂片的優缺點：
1、優點：①設備簡單②操作簡單③時間短④形象直觀，直接了解糞便菌群的“像”，熟練者對診斷菌群失調有較高的準確性。
2、缺點：①檢驗者必須有一定的經驗，否則易判斷錯誤②主要是定性檢查，確定分度較困難。
二、操作技術：
1、涂片 將新鮮大便直接涂抹在潔凈的玻片上，糞便不可稀釋以防變形。標本務求新鮮，涂片厚薄適宜。
2、外觀 肉眼檢查外觀顏色、形狀（若含有膜狀物的大便應補做艱難梭菌培養）。
3、鏡檢 染色技術是診斷準確成功的關鍵，革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌要對比鮮明。鏡檢時應將涂片視野全面觀覽，切不可看幾個視野就計數或報告。
三、檢查方法：
1、細菌總數：觀察菌群涂片首先要總覽細菌總數。了解涂片上細菌的數量是增多還是減少，有無優勢菌或真菌。細菌總數過多的情況較少見或不易引起重視。菌群失調時細菌總數多在正常、減少或消失。
細菌總數評定標準
每油鏡視野細菌數評價
＜10顯著減少
11—100明顯減少
101—500略微減少
501—5000正常
＞5000增多
2、觀察革蘭氏陽性、陰性桿菌及球菌的比率改變
革蘭氏陽性桿菌：革蘭氏陰性桿菌：革蘭氏陽性球菌：革蘭氏陰性球菌（包括球菌/桿菌）比率反映了糞便菌群的質素，它一般不受糞便稀釋或濃縮的影響，所以較細菌總數有更大的意義，更能反映菌群的本質和預后。
選定有代表性視野中的部分區域作細菌分類計數，需要數100—200個細菌以求得比例。不同年齡的人的比例都不一樣，一般桿菌與球菌比例約為75：25。
各年齡組細菌比率平均值的正常參考值（%）
年齡 革蘭氏陽性桿菌 革蘭氏陰性桿菌 革蘭氏陽性球菌 革蘭氏陰性球菌
1d： 30.7—61.5 38.5—6.9 0—2.2 0—0.01
2d： 60.0—71.6 34.8—36.9 3.0—3.5 0—0.01
3d： 66.9—82.7 16.0—31.4 1.3—1.6 0—0.05
4d： 79.2—86.2 12.4—19.2 1.4—1.7 0—0.1
5d： 85.5—87.51 1.0—12.8 1.4—1.7 0.08—0.4
6d—7d： 75.4—90.1 7.2—20.8 1.3—2.9 0.1—0.6
8d—15d： 72.4—93.3 5.3—18.9 0.8—1.9 0.1—0.8
1個月： 76.1—95.2 3.3—21.8 0.9—2.6 0.2—1.1
3個月： 80.7—95.9 3.2—17.0 0.9—2.8 0.3—1.5
半年： 82.1—96.4 2.3—15.8 0.5—2.6 0.2—1.1
1歲： 78.4—94.5 3.5—16.6 1.5—2.6 0.3—1.7
2歲： 68.3—90.6 7.5—26.6 1.8—12.2 0.2—2.1
5歲： 51.7—86.3 10.6—37.7 2.0—13.2 1.1—5.4
10歲： 56.7—88.5 7.6—30.7 2.5—12.2 2.0—6.7
18—25歲： 54.3—78.3 12.2—35.2 2.3—10.5 2.4—9.0
26—40歲： 54.3—78.6 12.2—35.2 2.2—12.5 2.4—9.0
41—55歲： 39.4—59.3 37.3—49.6 2.4—5.9 3.4—6.7
56—65歲： 35.3—56.8 44.3—49.6 2.3—5.9 3.6—6.7
66歲： 34.5—55.2 26.1—49.6 2.8—10.9 3.3—7.4
檢查要點與報告要點
為了對菌群失調的診斷有個基本的了解可將直接糞便涂片觀察到的細菌分為四類：革蘭氏陽性桿菌、革蘭氏陰性桿菌、革蘭氏陽性球菌、革蘭氏陰性球菌。通過標本中四類細菌的百分比、有無比例倒置與正常菌群平衡狀態的正常百分比的比較，來評定受檢者的菌群狀態。
一、腸道菌群的種類：
正常健康人的糞便，其細菌總數約為1010個/g左右，分類可達幾百種，絕大多數是專性厭氧菌，約占總數的99.9%，占少數的是兼性厭氧菌、專性需氧菌及微需氧菌。常見的有：
⑴、雙歧桿菌屬 革蘭氏陽性無芽胞桿菌。
⑵、優桿菌屬（真桿菌屬） 革蘭氏陽性無芽胞桿菌。
⑶、乳桿菌屬 革蘭氏陽性無芽胞桿菌。
⑷、擬桿菌屬（類桿菌屬） 革蘭氏陰性無芽胞桿菌。
⑸、腸桿菌屬 革蘭氏陰性無芽胞桿菌。
⑹、消化鏈球菌屬 革蘭氏陽性球菌。
⑺、消化球菌屬 革蘭氏陽性球菌。
⑻、腸球菌屬 革蘭氏陽性球菌。
⑼、葡萄球菌屬 革蘭氏陽性球菌。
⑽、梭桿菌屬 革蘭氏陰性桿菌。
⑾、梭狀芽胞桿菌屬 革蘭氏陽性有芽胞的粗大桿菌。
⑿、酵母菌 革蘭氏染色陽性，著色不均勻。 2 腸道菌群糞便涂片檢查
二、報告方式：
1、文字描述法：
具體描述細菌總數，革蘭氏陽性桿菌、革蘭氏陰性桿菌、革蘭氏陽性球菌、革蘭氏陰性球菌變化，有無優勢菌，可能的特征性細菌，并考慮該年齡段菌群特點，提出腸道菌群的初步印象診斷。如：
涂片所見： 細菌總數： 明顯減少
革蘭氏陽性桿菌： 較正常明顯減少
革蘭氏陰性桿菌： 較正常略減少
革蘭氏陽性球菌： 較正常增加
革蘭氏陰性球菌： 未見改變
酵母菌： 較正常略有增加
其它： 可見少量膿細胞
鏡下印象： 呈Ⅱ度菌群失調改變
還可在報告中增加描述，如球菌是鏈球菌，有梭狀芽胞桿菌等等，另正常的或未見到的可以不報告，如革蘭氏陰性球菌、酵母菌等。
Ⅰ、Ⅱ度菌群失調是數量改變，Ⅲ度菌群失調是質量的改變。
2、菌群失調分度診斷的標準：
分度ⅠⅡⅢ
臨床表現為潛伏型，臨床癥狀不明顯，是可逆的，即只要去除病因，不經治療也能恢復。為局限型，通常是不可逆的，即不經治療難以自然恢復。臨床有慢性病的表現。為彌漫型，又稱二重感染或菌交替癥。主要表現急性腹瀉，排便次數多，常見性狀多呈粘液性和稀水樣、膿血便。病情重或兇險。
糞便外觀可以是正常成形軟便，或不成形軟便或稀便。多為程度不等的稀便，也可為粘液便、水樣便、膿血便或柏油樣便。多為程度不等的稀便、也可為粘液便，常呈黃綠色或黑色。
涂片可見細菌總數在正常范圍，正常低值或略有減少；革蘭陽性桿菌在正常低值；革蘭陰性桿菌多有增加；革蘭陽性球菌在正常高值或增加；類酵母樣菌、梭菌常有增加；總之，僅是數量和比例輕度改變。細菌總數明顯減少或無明顯改變，偶見部分病例細菌顯著減少；革蘭陽性桿菌明顯減少；革蘭陰性桿菌明顯增多，有時達90%以上；有的病例革蘭陽性球菌增多（常見有葡萄球菌鏈球菌）、桿菌和球菌比例倒置（正常值約為75：25左右）。類酵母菌或梭菌呈明顯增多，總之，糞便菌群已有明確改變，Ⅱ度菌群失調應補做糞便細菌分離培養和鑒定。細菌總數呈顯著減少，糞便中原來的菌群大部分成員被抑制，只有一種細菌或真菌占絕對優勢，最常見有葡萄球菌、白色念珠菌、致病性大腸桿菌、艱難梭菌、綠膿桿菌（即銅綠假單胞菌）和肺炎克雷伯菌等。總之，原菌群中的某一種少數菌成為菌群的絕對優勢是Ⅲ度菌群失調癥的主要特點，應同時做糞便細菌的分離和鑒定。
各度之間并沒有一個明顯的，指標性的分界線，要嚴格的區分是有困難的。檢驗者應根據病人年齡、糞便性狀、病情表現、用藥治療等情況，綜合進行判斷菌群失調。