1、肢端肥大癥的外觀表現主要需與皮膚骨膜肥厚癥相鑒別，后者的X線表現主要為：四肢骨骨膜增生及骨干增粗，呈對稱性，以脛腓骨和尺橈骨為主。骨膜早期呈鋸齒狀，隨病程進展相互連接呈層狀；骨膜以骨干遠端最明顯，且漸向近端蔓延，一般不累及骨骺和干骺端。
2、垂體生長激素腺瘤主要需與如下疾病相鑒別：
（1）鞍區其他性質的腫瘤 如顱咽管瘤、腦膜瘤、膠質瘤、鞍區生殖細胞瘤、脊索瘤、鞍區表皮樣囊腫或皮樣囊腫、施萬細胞瘤、轉移瘤和神經垂體腫瘤等，白血病、淋巴瘤和漿細胞瘤等引起的原發性或繼發性鞍區癥狀。
（2）鞍區先天性畸形或其他非腫瘤性病變 如Rathke囊腫、空蝶鞍、鞍區蛛網膜囊腫、頸內動脈及大腦前動脈或前交通動脈瘤、交通性腦積水所致的第三腦室擴大等。
（3）鞍區炎癥性疾患 垂體膿腫、蛛網膜粘連、結核性腦膜炎和黏液囊腫，鞍區的真菌感染、艾滋病患者的弓形蟲擴肺孢子蟲感染、淋巴細胞性垂體炎、朗格漢斯組織細胞增多癥。