肺出血伴腎小球腎炎確切病因不清，可能為多種病因共同作用的結果。一般認為與以下因素有關：
1、感染
呼吸道感染，特別與流感病毒感染是本病最常見的誘因。最近研究發現獲得性免疫缺陷病患者感染卡氏肺囊蟲肺炎（Pneumocystis Carinii Pneumonia）后，機體易產生抗GBM抗體。Calderon等報道4例HIV感染者中3例抗Ⅳ型膠原α3鏈抗體（抗GBM抗體）陽性，提示卡氏肺囊蟲肺炎時肺泡損害可以誘發肺出血伴腎小球腎炎。
2、吸入可卡因
Perez等報道1例長期吸煙的患者在吸用可卡因3周以后發生了肺出血伴腎小球腎炎。