首選TMP-SMZ，口服，治療效果：AIDS患者反應慢（5～9天），不良反應多，非AIDS患者反應快（3～5天），不良反應少。AIDS并發PCP時療程為3周，非AIDs患者可縮短至14天，臨床需要視治療反應進行個體化處理。評估TMP-SMZ無效或治療失敗需要觀察4-8天才能判斷，確定無效再改用其他方案。AID患者在療程結束后仍需繼續預防性用藥。氨苯礬和氨苯礬-伯氨哇琳是最有效的替換預防方案，不能耐受磺胺類的患者同樣可能對氨苯礬難以耐受。
其他肺部真菌病包括：①肺毛霉病：糖尿病酸中毒和中性粒細胞減少是發生肺毛霉病的重要危險因素，迅速控制此類基礎疾病，對改善預后十分重要。目前臨床有確切療效的是兩性霉素B。②肺組織胞漿菌病：在我國很少見，本病臨床表現多種多樣，與結核病頗為類似。免疫功能正常者輕癥時可以不治療；中度或免疫損害患者選用伊曲康唑，過去主張療程1年，近來認為短程同樣適用。重癥則首先應用兩性霉素B，總量達1.0g，然后改用伊曲康唑口服治療9個月。若合并腦膜炎則不推薦使用伊曲康唑。③肺馬內菲青霉病：經呼吸道吸入，原發感染在肺部，類似結核或細菌性肺炎、肺膿腫，很容易經血行或淋巴播散，主要損害網狀內皮系統，呈現所謂“進行性播散性馬內菲青霉病”。診斷重在提高警惕，確診需要真菌培養鑒定和病理組織學檢查。治療選用兩性霉素B，2周后改用伊曲康唑口服治療10周，AIDS患者應長期使用伊曲康唑。