（1）支氣管念珠菌病 氟康唑，也可選用伊曲康唑；若鑒定為耐氟康唑非白念珠菌可選用伏立康唑口服、棘白菌素類或兩性霉素B靜脈給藥。療程持續至癥狀消失或合格痰標本真菌培養連續2次陰性。
（2）原發性念珠菌肺炎 ①病情穩定者給予氟康唑靜脈滴注，病情改善后改用口服；②病情不穩定者給予氟康唑聯合5-氟胞嘧啶，亦可使用伊曲康唑靜脈給藥；③耐氟康唑肺非白念珠菌病：選擇兩性霉素B（除外季也蒙念珠菌及葡萄牙念珠菌）、伏立康唑、棘白菌素類。
（3）繼發性念珠菌肺炎（包括原發性肺念珠菌病合并播散） 有深靜脈導管者應拔除導管，按病情處理：①病情穩定者給予氟康唑靜脈滴注，曾接受較多三唑類（氟康唑、伊曲康唑）預防性用藥者可選擇卡泊芬凈或米卡芬凈靜脈滴注或兩性霉素或含脂兩性霉素B；②對于病情不穩定者，一種方法是給予兩性霉素B（或相當劑量的含脂質制劑），或聯合5-氟胞嘧啶口服或靜脈給藥；在血培養轉陰性、癥狀體征改善或消失、中性粒細胞恢復正常水平后改為氟康唑口服14天；另一種方法是給予氟康唑+兩性霉素B（或相當劑量的含脂制劑）5～6天后，改為氟康唑口服；第3種方法是給予伏立康唑或棘白菌素類。
（4）念珠菌球或局限性肺部病變 藥物治療效果不佳，但全身狀況能耐受手術者，可考慮手術治療。過敏型給予對癥治療，可試用激素，抗真菌藥物治療價值尚不確定。