引起肺毛霉病的真菌屬于接合菌亞門,毛霉綱,毛霉目,毛霉科,由毛霉目中的其他科,如被孢霉科、小克銀漢霉科、科克霉科、瓶霉科等引起。其中毛霉科中的根霉屬、毛霉屬、犁頭霉屬是引起肺毛霉病的最常見的3類真菌,而3類中又以根霉屬所致的最為常見,特別是少根根霉和米根霉。