痰結核菌檢查不僅是診斷肺結核的主要依據，亦是考核療效、隨訪病情的重要指標。肺結核病患者痰液可呈間歇排菌，故應連續多次查痰。X線檢查是診斷肺結核的必要手段，對早期診斷、確定病變部位、范圍、性質、了解其演變及選擇治療等均具有重要價值。
在臨床診斷中，我國現用的分類法包括四部分，即肺結核類型、病變范圍及空洞部位、痰菌檢查、活動性及轉歸。
一、肺結核分為五型(1998年中華醫學會結核病分會通過的肺結核臨床新五型)
Ⅰ型：原發性肺結核;Ⅱ型：血行播散型肺結核;Ⅲ型：繼發型肺結核(包括浸潤性、纖維空洞及干酪性肺炎等。);Ⅳ型：結核性胸膜炎(包括結核性干性胸膜炎、結核性滲出性胸膜炎、結核性膿胸。);Ⅴ型：其他肺外結核。
二、病變范圍及空洞部位
按右、左側，分上、中、下肺野記述。右側病變記在橫線以上，左側病變記在橫線以下。有側無病變者，以“(-)”表示。以第2和第4前肋下緣內端將兩肺分為上、中、下肺野。有空洞者，在相應肺野部位加“0”號。
三、痰結核菌檢查
痰菌陽性或陰性，分別以(+)或(-)表示，以“涂”、“集”或“培”分別代表涂片、集菌或培養法。患者無痰或未查痰者，注明“無痰”或未查。
四、活動性及轉歸
在判定肺結核的活動性及轉歸時，應綜合患者的臨床表現、肺部病變、空洞及痰菌等。按肺結核病變的活動程度可將其分為三期：
(一)進展期
應具備下述一項：新發現的活動性病變;病變較前惡化、增多;新出現空洞或空洞增大;痰菌陽性。
(二)好轉期
具有以下一項為好轉：病變較前吸收;空洞閉合或縮小;痰菌轉陰。
(三)穩定期
病變無活動性改變，空洞閉合，痰菌連續陰性(每月至少查痰1次)達6個月以上。如空洞仍存在，則痰菌素需連續陰性1年以上。
開放性肺結核是指肺結核進展期與部分好轉期患者，其痰中經常有結核菌排出，具有較強的傳染性，故必須隔離治療。
活動性肺結核是指滲出性浸潤病變或變質性病變如干酪樣壞死、空洞形成、支氣管播散及血行播散粟粒型結核，臨床上癥狀比較突出。進展期與好轉期均屬活動性肺結核，其中進展期患者除少數(如急性血行播散粟粒型結核)外，幾乎均有排菌。部分好轉期患者亦仍排菌，均屬開放性肺結核。另一部分好轉期患者痰菌陰性則不屬開放性。活動性肺結核凡痰中排菌者均需隔離治療。
穩定期患者屬非活動性肺結核，列為初步臨床治愈;若經觀察兩年，病變仍穩定與痰菌持續陰性，可視為臨床治愈;如仍有空洞存在，則需觀察3年以上，如無變化，亦可視為臨床治愈。
診斷舉例：浸潤型肺結核=上0中/中 涂(+)進展期
典型肺結核起病緩慢，病程較長，有低熱、倦怠、食欲不振、咳嗽及少量咯血。但多數患者病灶輕微，無顯著癥狀，經X線健康檢查時偶被發現。亦有以空然咯血才被確診，追溯其病史可有輕微的全身癥狀。少數患者因突然起病及突出的毒性癥狀與呼吸道癥狀，而經X線檢查確認為急性粟粒型肺結核或干酪樣肺炎。老年肺結核患者，易被長年慢性支氣管炎的癥狀所掩蓋。偶見未被發現的重癥肺結核，因繼發感染而有高熱，甚至已發展至敗血癥或呼吸衰竭才去就醫。鑒于肺結核的臨床表現常呈多樣化，在結核病疫情已基本得到控制、發病率低的地區，醫務人員在日常診療工作中尤應認識其不典型表現。
癥狀
(一)全身癥狀
表現為午后低熱、乏力、食欲減退、消瘦、盜汗等。若肺部病灶進展播散，常呈不規則高熱。婦女可有月經失調或閉經。
(二)呼吸系統癥狀
通常為干咳或帶少量粘液痰，繼發感染時，痰呈粘液膿性。約1/3患者有不同程度咯血，痰中帶血多因炎性病灶的毛細血管擴張所致;中等量以上咯血，則與小血管損傷或來自空洞的因管瘤破裂有關。咯血后常有低熱，可能因小支氣管內殘留血塊吸收或阻塞支氣管引起的感染;若發熱持續不退，則應考慮結核病灶播散。有時硬結鈣化的結核病灶可因機械性損傷血管，或合并支氣管擴張而咯血。大咯血時可發生失血性休克;偶因血塊阻塞大氣道引起窒息。此時患者極度煩躁、心情緊張、掙扎坐起、胸悶氣促、發紺，應立即進行搶救。
病灶炎癥累及壁層及胸膜時，相應胸壁有刺痛，一般多不劇烈，隨呼吸及咳嗽而加重。慢性重癥肺結核時，呼吸功能減退，常出現漸進性呼吸困難，甚至缺氧發紺。若并發氣胸或大量胸腔積液，其呼吸困難癥狀尤為嚴重。
體征
早期病灶小或位于肺組織深部，多無異常體征。若病變范圍較大，患側肺部呼吸運動減弱，叩診呈濁音，聽診時呼吸音減低，或為支氣管肺泡呼吸音。因肺結核好發于肺上葉尖后段及下葉背段，故鎖骨上下、肩胛間區叩診略濁，咳嗽后偶可聞及濕啰音，對診斷有參考意義。肺部病變發生廣泛纖維化或胸膜粘連增厚時，患側胸廓常呈下陷、肋間隙變窄、氣管移位與叩濁，對側可有代償性肺氣腫征。
結核菌感染與肺結核的發生、發展
肺結核分原發性與繼續性兩大類。所謂原發性肺結核，是指結核菌初次感染而在肺內發生的病變，常見小兒。此時，人體反應性較低，病灶局部反應亦輕微，結核菌常沿淋巴管抵達淋巴結。繼發性肺結核通常發生在曾受過結核菌感染的成年人。此時人體對結核菌具有一定的與變態反應。潛伏在肺內活躍，病灶部位多在肺尖附近，結核菌一般不播及淋巴結，亦很少引起血行播散。但肺內局部病灶處炎癥反應劇烈，容易發生干酪樣壞死及空洞。顯然與原發性肺結核有所不同，可認為是發生在人體內的Koch現象。