1.病原學檢查
痰、纖支鏡刷檢、灌洗液真菌培養4周以上，菌絲相轉為酵母相，可見其特征性的齒輪狀孢子。
病理學檢查旨在發現病原菌，可用銀染色、PAS染色等特殊染色，若在巨噬細胞或白細胞中發現似有莢膜的酵母菌有確診價值。采用免疫組化能準確鑒別菌種。播散型病例骨髓、淋巴結、分泌物和活檢組織培養常陽性。
2.組織胞漿菌素皮試
意義和方法與PPD（結核菌素純蛋白衍生物）皮試相似，皮試后48～72小時觀察結果，以紅腫硬結≥5mm為陽性。皮試陽性揭示曾受過或正在受組織胞漿菌感染，對于非流行區病人有一定診斷價值，一般感染后2～3周皮試出現陽性，可維持數年。皮試陰性也不能排除診斷。
3.血清學試驗
現有的血清學抗體檢測特異性不高，免疫功能抑制者可呈假陽性，僅能提示診斷。
補體結合試驗（CFT）是臨床診斷的主要依據，一般認為，效價≥1∶16或近期升高4倍以上高度提示有活動性病變。免疫擴散試驗（ID），特異性高于CFT，出現“H”或。“M”沉淀帶為陽性，前者常提示活動性感染。
酶聯免疫吸附試驗（ELISA）以效價≥1∶16為陽性。近年開展的組織胞漿菌糖原抗原（HAP）檢測，陽性揭示活動性感染，可提供早期診斷依據。對免疫缺陷的患者更具有診斷價值。