Aspergillus fumigatus是一種在囊腫性纖維化患者的肺部常見的霉菌，常造成患者情況轉壞。
囊腫性纖維化所產生的濃稠黏液會阻塞細小的氣管，這些粘液在肺部成為細菌繁殖的場所，使得肺部反復受感染發炎而導致肺部組織的變化。早期的癥狀包括不斷的咳嗽、大量的咳痰、以及運動量的減少都很常見。到了后期時，肺部組織的變化導致長期的呼吸困難。
其他癥狀包括咳血（hemoptysis）、氣管擴張（bronchiectasis）、肺血管高血壓（pulmonary hypertension）、心臟衰竭、循環系統運送氧氣效率的減低、以及呼吸器官的衰竭。除了細菌感染之外，患者常會產生其他與肺部有關的癥狀，其中包括過敏性支氣管肺曲菌癥（allergic bronchopulmonary aspergillosis），這是一種患者身體對一種常見的霉菌Aspergillus fumigatus產生不良反應，導致嚴重的呼吸困難，另外還有鳥型分枝桿菌（mycobacterium avium complex）是一種與肺結核菌相當類似的細菌，它會對肺部組織產生更進一步的感染，而且大部分的抗生素對此種細菌都沒有效果。
鼻竇內的濃稠黏液也會阻塞鼻竇而導致感染，癥狀包括臉部疼痛、發燒以及頭痛。由于長時間的反復發炎，囊腫性纖維化患者的鼻腔內會有鼻肉增生的情況，這些鼻息肉會阻礙呼吸道進而引起呼吸困難。