呼吸道及肺部感染是呼吸系統疾病的重要組成部分。中國結核病（主要是肺結核）患者人數居全球第二，有肺結核患者500萬，其中具傳染性150萬人，而感染耐多藥的結核分枝桿菌的患者可達17%以上。由于至今尚未有防治病毒的特效方法，病毒感染性疾病的發病率未有明顯降低；自廣泛應用抗生素以來，細菌性肺炎的病死率顯著下降，但老年患者病死率仍高，且肺炎的發病率未見降低。在醫院獲得性肺部感染中，革蘭陰性菌占優勢。在革蘭陽性球菌中，耐甲氧西林的細菌亦明顯增加；社區獲得性肺炎仍以肺炎鏈球菌和流感嗜血桿菌為主要病原菌，還有軍團菌、支原體、衣原體、病毒等。在2003年暴發的SARS，則為SARS冠狀病毒感染。此外，免疫低下或免疫缺陷者的呼吸系統感染，則應重視特殊病原如真菌、 肺孢子菌及非典型分枝桿菌感染。