生物活性肽分布廣泛，多來源于動、植物體。按其原料來源可分為:海洋生物活性肽和陸地生物活性肽。
01 按照分子量大小分為小肽：又叫小分子肽，是指僅由2～4個氨基酸構成的高活性肽；寡肽：是指2-10個氨基酸組成的肽，分子量一般在1000道爾頓以下；多肽：10-50個氨基酸組成的肽；蛋白質：一般指51以上個氨基酸組成的肽。
02 按其分泌部位可分為：內源性生物活性肽，即人機體內存在的天然生物活性肽。外源性生物活性肽，廣泛存在于動、植物和微生物體內的天然生物活性肽和蛋白質降解后產生的生物活性肽成分。
03 按其功能可分為：生理活性肽，例如抗菌肽、激素調節肽、神經活性肽、酶調節劑和抑制劑、免疫活性肽、礦物元素結合肽等。食品感官肽，包括味覺肽(酸味肽、咸味肽、甜味肽等）、增強食品風味的肽等。