主要分為醫用類多肽藥物，肽類抗生素，疫苗，農用類抗菌肽，飼料小肽，日化用化妝品，食品用大豆多肽，玉米多肽，酵母多肽，海參肽。
從功能角度來分，可以分為降壓肽，抗氧化肽，降膽固醇肽，類鴉片活性肽，高F值寡肽，食品強味肽等等。
活性肽，與營養，荷爾蒙、酵素抑制、調節免疫、抗菌、抗病毒、抗氧化有非常緊密關系。多肽大體上分為：多肽類藥物和多肽類保健品。傳統的多肽類藥物主要是多肽類激素，對多肽類藥物的開發已經發展到疾病防治的各個領域，特別是在以下各領域發展較快。
