肽聚糖骨架是由N-乙酰葡萄糖胺(N-acetylglucosamine簡寫G)和N-乙酰胞壁酸(N-acetylmuramic acid簡寫M)通過β-1，4糖苷鍵交替相聯而組成的線狀聚糖鏈。M是在N－乙酰葡萄糖胺的C3位置上聯結一個乳酰醚。就在M的乳酰基上,聯結著一條由四個氨基酸殘基組成的短肽鏈。短肽鏈的氨基酸組成因菌種而異，包括不常見的D－谷氨酸、D－丙氨酸、L-二氨基庚二酸和其他二氨基酸；其中L型和D型氨基酸交替排列.
