肽鍵具有特殊性質。從鍵長看，肽鍵鍵長（0.132nm）介于C—N單鍵（0.146nm）和雙鍵（0.124mm）之間，具有部分雙鍵的性質，不能自由旋轉；從鍵角看，肽鍵中鍵與鍵的夾角均為120°。因此，與肽鍵相連的6個原子（Cn、C、O、N、H、Ca）始終處在同一平面上，構成剛性的“肽鍵平面”，又稱“酰胺平面”或肽單元。肽單元中，與C—N相連的氫和氧原子與兩個碳原子呈反向分布。
