實驗室檢查：除尿液分析和尿培養陽性外，其他檢查結果同腎皮質膿腫，這是由于腎皮質髓質膿腫與腎盞腎盂相通之故。與腎皮質膿腫相比，本癥血培養陽性率更高。
影象學檢查：超聲和CT是腎皮質髓質膿腫最基本和有效的診斷方法。對急性局灶性細菌性腎炎，腎臟超聲波檢查常不能發現異常，但可能顯示一固態低回聲腫塊影，與周圍正常腎實質無明顯界限，腎輪廓變形，皮質和髓質分辯不清。無造影劑增強的 CT常不能證實急性局灶性細菌性腎炎的癥狀，然而經造影增強后，CT可顯示界限不清的，楔及非液化的低密度區，可累及一個或多個腎小葉。
腎內膿腫，無論是腎皮質或腎皮質髓質膿腫，其超聲表現反復多變，病灶可無內部超聲反射而與腎囊腫或腎盞憩室相類似，或出現強回聲光團而類似腫瘤。理想的影象學檢查是CT，特征性表現是腎實質病灶的CT值下降至0～20H單位，經靜脈注射造影劑后不能增強。[2]