1.膀胱刺激癥
膀胱刺激癥狀是腎結核的最重要、最主要也是最早出現的癥狀。當結核桿菌對膀胱黏膜造成結核性炎癥時，患者開始先有尿頻，排尿次數在白天和晚上都逐漸增加，可以由每天數次增加到數十次，嚴重者每小時要排尿數次，直至可出現類似尿失禁現象。75%～80%都有尿頻癥狀。在尿頻的同時，可出現尿急、尿痛、排尿不能等待，必須立即排出，難以忍耐。排尿終末時在尿道或恥骨上膀胱區有灼痛感覺。膀胱病變日趨嚴重，這些病狀也越顯著。
2.血尿
血尿是腎結核的第二個重要癥狀，發生率為70%～80%。一般與尿頻、尿急、尿痛等癥狀同時出現。血尿的來源大多來自膀胱病變，但也可來自腎臟本身。血尿的程度不等，多為輕度的肉眼血尿或為顯微鏡血尿，但有3%的病例為明顯的肉眼血尿并且是惟一的首發癥狀。
血尿的出現多數為終末血尿，乃是膀胱的結核性炎癥和潰瘍在排尿時膀胱收縮引起出血。若血尿來自腎臟，則可為全程血尿。
3.膿尿
由于腎臟和膀胱的結核性炎癥，造成組織破壞，尿液中可出現大量膿細胞，同時在尿液內亦可混有干酪樣物質，使尿液混濁不清，嚴重者呈米湯樣膿尿。膿尿的發生率為20%左右。
4.腰痛
腎臟結核病變嚴重者可引起結核性膿腎，腎臟體積增大，在腰部存在腫塊，出現腰痛。國內資料的發生率為10%。若有對側腎盂積水，則在對側可出現腰部癥狀。少數病人在血塊、膿塊通過輸尿管時可引起腎部絞痛。
5.全身癥狀
由于腎結核是全身結核病中一個組成部分，因此可以出現一般結核病變的各種癥狀。如食欲減退、消瘦、乏力、盜汗、低熱等，可在腎結核較嚴重時出現，或因其他器官結核而引起。
6.其他癥狀
由于腎結核繼發于其他器官的結核或者并發其他器官結核，因此可以出現一些其他器官結核的癥狀，如骨結核的冷膿腫，淋巴結核的竇道，腸結核的腹瀉、腹痛，尤其是伴發男生殖道結核時附睪有結節存在。