組織病理學檢查及免疫組化檢查是本病診斷的主要依據。
1.大體形態 分為潰瘍型、多發性結節型息肉型和混合型與胃癌難以區別。晚期病例表現為巨大的腦回狀改變，類似肥大性胃炎。
2.組織學類型 大多數原發性胃淋巴瘤為非霍奇金淋巴瘤，B細胞性T細胞性淋巴瘤少見霍奇金病則屬罕見。
3.分化程度 原發性胃腸道B細胞性淋巴瘤以黏膜相關組織(MALT)淋巴瘤最為常見MALT淋巴瘤又分為低度惡性和高度惡性兩個亞型。
(1)B細胞性低度惡性MALT淋巴瘤：特點是：①腫瘤主要由中心細胞樣細胞(CLL)組成。腫瘤細胞中等偏小，核稍不規則，染色質較成熟，核仁不明顯很像小裂核細胞。②腫瘤細胞侵犯和破壞被覆上皮細胞和腺上皮細胞，形成黏膜上皮損害。③腫瘤內常見淋巴濾泡結構或反應性淋巴濾泡。腫瘤細胞浸潤固有膜、黏膜下層和肌層，并常累及腸系膜淋巴結。④免疫組化示：CD21CD35、CD20、bcl-2常陽性CD5、CD10為陰性。低度惡性的MALT淋巴瘤首先要與胃良性淋巴組織增殖相鑒別。良性淋巴組織增殖除成熟的淋巴細胞以外常混有其他炎癥細胞；常出現具有生發中心的淋巴濾泡；往往有纖維結締組織增生：許多病例有典型慢性胃潰瘍病變；局部淋巴結無淋巴瘤改變免疫組化顯示多克隆淋巴細胞成分。
(2)B細胞性高度惡性MALT淋巴瘤：在低度惡性MALT淋巴瘤內有較明顯的高度惡性轉化灶，表現為瘤細胞變大，核不規則增加和帶有核仁的轉化淋巴細胞樣細胞(中心母細胞)核分裂象多見或可見Reed-Stemberg樣細胞。