臨床初診時誤診率極高，文獻報告達80%以上究其原因主要有二：一是本病發病率低致使臨床醫生缺乏足夠的警惕性；二是臨床表現和輔助檢查中特異性征象不多
診斷原發性胃淋巴瘤的Dawson(1961)標準：
1.無淺表淋巴結腫大。
2.血白細胞總數及分類正常。
3.胸片中無縱隔淋巴結腫大。
4.除胃及區域淋巴結受累外，無腸系膜淋巴結或其他組織受侵犯。
5.腫瘤不累及肝脾。
據此，確診需在術后方能做出故凡遇上腹疼痛伴發熱體重顯著減輕者；上腹痛按消化性潰瘍治療長期不能奏效者；上消化道出血經久不止并伴頻繁嘔吐者，均應想到本病的可能，必要時考慮剖腹探查。
鑒別診斷：
胃淋巴瘤的臨床癥狀常與胃癌或胃潰瘍相似須注意鑒別診斷。
1.胃癌 除病理以外，臨床上胃淋巴瘤與胃癌的鑒別確有一定的困難，但胃淋巴瘤的主要特點為：①平均發病年齡較胃癌輕；②病程較長而全身情況尚好；③梗阻、貧血和惡病質較少見；④腫瘤質地較軟，切面偏紅；⑤腫瘤表面黏膜完整或未完全破壞。
2.假性淋巴瘤 另外組織學上應注意與良性的假性淋巴瘤區別，二者的臨床癥狀、X線表現均極為相似。在組織學上，淋巴網狀細胞的腫塊中呈現一混合的感染浸潤，成熟的淋巴細胞及其他各種感染細胞同時出現在濾泡組織內并且與普遍存在的瘢痕組織交錯混合在一起。仔細尋找真正的生發中心有重要意義，常可借此與淋巴細胞肉瘤區別。