胎糞性腹膜炎是一種發生在子宮內的病理過程，含有各種消化酶的無菌胎糞，通過腸道的穿孔溢入腹腔內，引起嚴重的化學性和異物性腹膜反應，大量滲出液體，但胎兒并不發生電解質失衡，因為母體通過胎盤產生代償而維持平衡，因此，這種無菌性腹膜炎并不危及胎兒生命，妊娠繼續正常進行。但因導致胎兒腸穿孔的腸梗阻，或穿孔愈合后形成的腸狹窄，可影響胎兒吞咽羊水，孕婦可發生羊水過多。
導致胎兒腸穿孔的原因眾多，如腸閉鎖、腸狹窄、腸套疊、腸扭轉、內疝等，有些病例可能是腸壁局部血運障礙，如胎兒壞死性小腸結腸炎、腸壁肌層缺損、腸系膜血管梗塞、以及繼發性腸穿孔(胎兒闌尾炎、憩室炎、腸重復畸形或潰瘍穿孔)等。在歐美的胎糞性腸梗塞(meconiumileus)伴有胰腺纖維囊性變為常見原因，但在我國則罕見報道，有些病例的穿孔原因尚不清楚。
在正常情況下，胎兒到妊娠4個月時，腸道內已形成胎糞聚集在回腸末端，5個月時到達直腸，此時或以后發生腸穿孔均可引起胎糞外溢而發病。如果腸穿孔發生在早期，則有可能自行愈合。其消化酶引起的腹膜炎反應，大量纖維素滲出，造成腹膜廣泛粘連，將穿孔堵塞，腹腔滲液及壞死組織可大部分被吸收，隨后因胰酶的產生及作用，腸腔內胎糞得以溶解而腸道通暢。但堆積在穿孔周圍的胎糞中的鈣鹽與腹膜炎性滲出液發生化學反應而沉淀，于是形成鈣化斑塊。由于胎兒4～5個月時肝臟相對較大，占有腹腔的大部分，因此腸穿孔后多與肝臟有粘連，隨著腹腔發育而肝臟移位右上腹，因而也將粘連部分牽至右上腹肝下，故X線攝片常在右上腹部發現鈣化影。如果腸穿孔并未封住，或在長期溢漏后才封住，則可有膜狀組織包裹部分腸袢，形成假性囊腫。若繼續溢漏，囊腔可逐漸增大，充滿于腹腔。如果腸穿孔發生于分娩前幾天之內，穿孔仍然開放，則腹腔內充滿染有胎糞的腹水，形成彌漫性腹膜炎，并迅速演變為細菌性腹膜炎。