不同生物的囊胚細胞的運動過程的變化極大，但是脊椎動物都有一個共同的特點：在囊胚的表面形成一個開口，叫胚孔（blastopore），細胞通過胚孔移入到囊胚的內層。
桑椹胚進一步發育，細胞開始出現分化，聚集在胚胎一側，個體較大的細胞，稱為內細胞團（inner cell mass，ICM），將來發育成胎兒的各種組織，而沿透明帶內壁擴展和排列的，個體較小的細胞，稱為滋養層細胞，它們將來發育成胚膜和胎盤。
隨著胚胎的進一步發育，胚胎的內部開始出現了含有液體的囊胚——囊胚腔，這個時期的胚胎叫做囊胚（blastocyst）。囊胚進一步擴大，會導致透明帶的破裂，胚胎從其中伸展出來，這個過程叫做孵化（hatching）胚胎由桑椹胚進一步發育，形成一個中空的細胞球，這個具有空腔的胚胎叫囊胚。