臨床上遇到曾有急慢性胰腺炎或上腹損傷，出現上腹疼痛、飽滿、腫塊，伴胃腸道功能障礙的病人，體檢時能觸到上腹圓形或橢圓形腫物，邊界不清，較固定，呈囊性感有深壓痛，就應想到有胰腺囊腫的可能，經胃腸道造影、B超檢查即可作出診斷鶒。但僅診斷出胰腺囊腫是遠遠不夠的為指導治療，還應明確以下幾個問題。
1.確實是胰腺假囊腫而非真性胰腺囊腫 前者大多數有急慢性胰腺炎或胰腺損傷史后者一般沒有；B超，特別鶒是CT有助于鑒別。
2.是急性胰腺假囊腫，還是慢性胰腺假囊腫 前者多由急性胰腺炎或胰腺損傷誘發，有的正處于急性胰腺炎階段，除有急性胰腺炎的表現外血尿淀粉酶的活性增高，特別鶒是尿中淀粉酶持續上升。慢性胰腺假囊腫多發生在慢性復發性胰腺炎的基礎上，主要表現為慢性胰腺炎癥狀，如腰背疼痛消化不良，脂性腹瀉及糖尿病征象
3.胰腺假囊腫的大小、位置囊內有無房隔 通過胃腸造影B超、CT檢查不難做出判斷。還應明確囊腫與胃腸道之間的關系，精確地測出它們之間的距離。囊內無分隔的囊腫為穿刺置管引流的指征。囊腫與胃腸道之間間隙＜1cm才適于做內鏡治療。
4.囊壁是否成熟 病程長短固然有參考意義，但B超與CT顯示囊壁的厚度是選擇手術時機的重要依據。
5.囊腫與胰管是否相通，胰管有無狹窄 通常急性胰腺假囊腫不一定與胰管交通，無胰管狹窄，慢性胰腺假囊腫總與胰管交通，且伴胰管狹窄，ERCP或囊腫造影檢查可提供確切證據對于與胰管交通且有狹窄的囊腫，不應選擇外引流，否則會發生胰瘺。
6.嚴密觀察囊腫的變化 當已確定胰腺假囊腫的診斷并對上述5方面有了明確判斷后，即可定出初步治療方案。但還應進一步動態觀察囊腫的變化包括大小囊壁厚度、囊內密度及鶒是否出現囊內出血、感染、囊腫急驟增大、囊腫破裂和對周圍臟器產生壓迫等并發癥，以便及時修正治療方法。
鑒別診斷：
胰腺假性囊腫須與胰腺膿腫和急性胰腺蜂窩織炎鑒別。伴隨膿腫的病人常有感染表現。偶爾，假性囊腫可表現為體重下降、黃疸和觸及無痛性腫大的膽囊，常首先考慮為胰腺癌。CT掃描顯示病變為液性，提示為胰腺囊腫可做出正確診斷。增生性囊腫，還有胰腺囊腺瘤或囊腺癌,約占胰腺囊性病變的5%，術前應與胰腺假性囊腫鑒別。其確切的鑒別診斷主要依靠術中的肉眼觀察和活檢來確定。