開始出現癥狀都在一歲之內, 由于胰腺發生囊性纖維性變，使胰腺的分泌量及含酶濃度顯著降低。有些病例在新生兒期就有大量糞便， 胎糞可呈黏稠膠狀如油灰樣的黑色物質，與腸壁緊密黏著， 引起胎糞性腸梗阻或腹膜炎。有些則到數月后才出現顯著脂肪瀉。患兒的食欲良好，雖然攝入足量的膳食，體重仍不增加，生長緩慢。糞便的量多，不成形， 臭味特重，每天3～6次。有些患兒可發生肝硬化， 并繼發低蛋白血癥、 水腫、貧血、眼干燥癥及維生素K缺乏癥。
患兒經常有呼吸道感染，反復發作，終至形成慢性支氣管炎、支氣管肺炎或支氣管擴張癥， 嚴重者發生氣胸或咯血， 晚期常見呼吸衰竭、肺心病及心力衰竭。
患兒的汗液、淚液及唾液內的鈉和氯化物含量增多。出汗時，水及電解質大量丟失，易致虛脫。