(1)能量分辨率低,峰背比低。
由于能譜儀的探頭直接對著樣品，所以由背散射電子或X射線所激發產生的熒光X射線信號也被同時檢測到，從而使得Si(Li)檢測器檢測到的特征譜線在強度提高的同時，背底也相應提高,譜線的重疊現象嚴重。故儀器分辨不同能量特征X射線的能力變差。能譜儀的能量分辨率(130eV)比波譜儀的能量分辨率(5eV)低。
(2)工作條件要求嚴格。
Si(Li)探頭必須始終保持在液氦冷卻的低溫狀態，即使是在不工作時也不能中斷，否則晶體內Li的濃度分布狀態就會因擴散而變化，導致探頭功能下降甚至完全被破壞。