按脂肪酶對底物的特異性可分為三類：脂肪酸特異性、位置特異性和立體特異性。
依據脂肪酶的來源不同，脂肪酶還可以分為動物性脂肪酶、植物性脂肪酶和微生物性脂肪酶。
不同來源的脂肪酶可以催化同一反應，但反應條件相同時，酶促反應的速率、特異性等則不盡相同。
