隨后生骨節產生的髓弧片開始愈合，直至完全包裹脊索，漸漸出現椎體（centrum） 等結構，同時向動物體背側延伸，出現包裹神經管的趨勢。脊索被椎體壓迫，逐漸變細小。但是此時的“脊椎骨”細胞只是失去了原生質 的分支，同時細胞間有大量間質 ，即此時是軟骨脊椎。另外每個脊椎骨環是獨立的。由于是軟骨，此段缺少現存或化石證據，但是在胚胎學的重演律 上可以證明，脊椎是先一段一段產生再愈合的。
隨后軟骨開始硬化 ，每段脊椎（vertebrae）也開始愈合，神經管被脊椎包裹，脊索被分開，形成脊索小球，像一串念珠，夾于脊椎中。鯊魚體內的脊椎就是這樣，頭部還殘留有軟骨和沒封閉完全的骨，脊椎簡單愈合。