脊索是背部起支持體軸作用的一條縱行棒狀結構，位于消化道和神經管之間，脊索來源于胚胎時期的原腸背壁，經加厚，分化，外突，最后脫離原腸而形成，脊索由富含液泡的脊索細胞組成，外面圍有脊索細胞所分泌形成的結締組織性質的脊索鞘。脊索不是脊椎，脊椎是脊索出現后才慢慢產生的，脊椎是骨質的，脊索不是骨質的。
脊索是一條由多泡狀角質細胞所組成的堅韌、半透明、有彈性的圓柱形不分節結構，其表面覆蓋著數層薄薄的結締組織 的脊索鞘（elastica）。脊索是胚胎時期的原腸 壁背面加厚外突形成，是內胚層結構。之后顯著伸長和集中，將陷入胚內的外胚層作為襯底，成為身體中心中樞神經系統產生的誘導物質，預定的脊索原基 內陷后也明顯地伸長。文昌魚終生具有脊索，圓口類 的脊索也不退化而終生存在。脊椎動物的脊索在胚胎期及幼體期具有中軸支持器官的作用，但是其后被周圍結締組織形成的軟骨或硬骨的脊柱所代替，只在脊柱內殘存一些脊索的痕跡。