生長于腦干的腫瘤，其臨床表現與腫瘤的發生部位、類型及惡性程度等有密切關系。最常見的癥狀及體征為多發性腦神經損害、錐體束征及小腦體征，病程晚期患者可表現有顱內壓增高。
1.中腦內腫瘤
較少見，患者可出現眼瞼下垂等動眼神經癱瘓癥狀。由于腫瘤向背側發展、造成第四腦室或中腦導水管的狹窄或閉鎖，故早期即可出現顱內壓增高癥狀，患者常有頭痛、眩暈、躁動不安和伴有惡心與嘔吐等。隨著腫瘤的壓迫和發生占位效應，可表現出典型的中腦損害臨床綜合征。
2.腦橋腫瘤
常出現眼球內斜、復視、嘴歪、面部麻木等展神經、面神經或三叉神經受累癥狀；并有運動、感覺和小腦癥狀等表現。該部位腫瘤的顱內壓增高出現較晚，因腫瘤多呈浸潤性生長，故癥狀和體征表現較為復雜。
3.延髓腫瘤
多有明顯的癥狀和體征，如延髓兩側性損害，可表現為雙側后組腦神經麻痹，患者有吞咽嗆咳、聲音嘶啞、舌肌麻痹和萎縮等。隨著腫瘤的發展，累及腦干腹側面的錐體束時，則出現交叉性癱瘓，表現為同側的腦神經麻痹和對側的肢體肌力下降、肌張力增高、腱反射亢進及病理征陽性。肢體的癱瘓常先從一側下肢開始，繼之發展到該側上肢。但有些生長緩慢的腫瘤早期表現常不明顯。延髓腫瘤早期一般無顱內壓增高癥狀，但腫瘤內出血或囊性變、影響腦脊液循環時，則可出現顱內壓增高。因此，對多發性腦神經損害或進行性交叉性麻痹，并伴有錐體束征者，應考慮該部位腫瘤之可能。此外，小腦體征亦不少見，表現為步態不穩，閉目難立征陽性，眼球震顫及共濟失調。晚期可出現雙側腦神經受累和錐體束征。部分患者還可因腫瘤侵及延髓及上頸髓而出現強迫頭位等。
4.惡性彌漫型腫瘤
一般病程短，病情發展迅速，伴有嚴重的腦干損害體征，包括腦神經麻痹等表現。但早期顱內壓增高體征卻較少見，多出現于病情的晚期。
5.膨脹型腫瘤
神經功能損害表現通常進展緩慢，有些病例腦干局灶性損害體征很輕微。中腦腫瘤可有多種不同的肢體痙攣表現。