正常腦脊液蛋白電泳圖的條區與血清電泳圖相似，主要分為前白蛋白、白蛋白、α1、α2、β1、β2與γ球蛋白等，因使用電泳的方法不同而含量差異很大，也與腦脊液蛋白含量有關。腦脊液中蛋白量增高時，前白蛋白比例降低，甚至可消失；白蛋白來自血清，分子量較小，容易通過血腦屏障，腦脊液蛋白增高時，白蛋白也增高。α1、α2球蛋白增加主要見于中樞神經系統萎縮性與退行性病變。γ球蛋白增高而總蛋白量正常見于多發性硬化和神經梅毒，兩者同時增高時則見于慢性炎癥和腦實質惡性腫瘤，也與血腦屏障通透性增加有關，寡克隆區帶（oligoclone）是指在γ球蛋白區帶中出現的一個不連續的、一般在外周血不能見到的區帶，是神經系統內部能合成IgG的標志，在95%多發性硬化患者中比IgG的增加發生早，有重要的助診價值，但陽性也可見于急性感染性多發性神經炎、視神經炎、漿液性腦膜炎中。