（1）數據采集時患者頭部位置變動，會嚴重影響影像質量，重建的斷層影像見腦內各結構紊亂。為防止頭部移位，要用膠帶強制固定。對神經或精神癥狀明顯、小兒和不能合作的患者，預先應給予鎮靜劑。
（2）封閉不夠，使用99mTc標記化合物時即便放化純度＞90%，但若未使用過氯酸鉀封閉脈絡叢、鼻黏膜或封閉不夠時，有時可見靜脈竇輕度顯影，特別是鼻黏膜內放射性濃集明顯，影響影像的清晰度，在進行3DSD顯示時可見鼻腔顯影，嚴重干擾影像。
（3）有條件者可應用PET進行腦血流灌注顯像。
