脫氧核酶不僅具有RNA切割作用，而且也能切割DNA 分子。已篩選出了兩類具有DNA自我切割作用的脫氧核酶，Ⅰ類自我切割脫氧核酶需要Cu2+和維生素C參與，而Ⅱ類脫氧核酶只需要Cu2+。Ⅱ類脫氧核酶以順式方式切割DNA靶分子，與不加酶的反應相比，它提高催化效率106倍。多數脫氧核酶只能與底物形成二聯體形式，而Ⅱ類脫氧核酶能與底物形成二聯體或三聯體形式，結合并切割DNA底物，通過改變二聯體或三聯體的識別位點，就可以切割不同核苷酸序列的單鏈DNA分子。因此脫氧核酶還可以作為簡單的限制性內切酶，位點特異性地切割單鏈 DNA分子。