本病的病因及發病機制不完全清楚。
①最常見為高血壓導致小動脈及微小動脈壁脂質透明變性，管腔閉塞產生腔隙性病變；有資料認為，單一腔隙病灶與高血壓無顯著相關性，舒張力增高是多發性腔隙性梗死的主要原因；
②大腦中動脈和基底動脈粥樣硬化及形成小血栓阻塞深穿支動脈可導致腔隙性梗死；
③血流動力學異常如血壓突然下降使已嚴重狹窄動脈遠端血流明顯減少而形成微小梗死；
④各類小栓子如紅細胞、纖維蛋白、膽固醇、空氣及動脈粥樣硬化斑等阻塞小動脈，有報道在視網膜動脈（50－150μm）和腦小動脈發現栓子，頸動脈系統顱腦內外段動脈粥樣硬化斑塊脫落是微栓子最常見來源，心臟病和霉菌性動脈瘤也是栓子可能來源；
⑤血液異常如紅細胞增多癥、血小板增多癥和高凝狀態等也可能對發病起作用。