主要癥狀是疼痛和血尿，極少數病人可長期無自覺癥狀。
(一)疼痛：大部分患者出現腰痛或腹部疼痛。較大的結石，多為患側腰部鈍痛或隱痛，常在活動后加重；較小的結石，多引起平滑肌痙攣而出現絞痛，這種絞痛常突然發生，疼痛劇烈，如刀割樣，向下腹部、外陰部和大腿內側放射。有時患者伴有面色蒼白、出冷汗、惡心、嘔吐，嚴重者出現脈弱而快、血壓下降等癥狀。疼痛常陣發性發作，或可因某個動作疼痛突然終止或緩解，遺有腰、腹部隱痛。
(二)血尿：由于結石直接損傷腎和輸尿管的粘膜，常在劇痛后出現鏡下血尿或肉眼血尿，血尿的嚴重程度與損傷程度有關。
(三)膿尿：腎和輸尿管結石并發感染時尿中出現膿細胞，臨床可出現高熱、腰痛。
(四)其它：結石梗阻可引起腎積水、腎功能不全，有的病人尚可出現胃腸道癥狀，貧血等等。