病菌自皮膚侵入后，一般經淋巴管到達局部淋巴結，引起原發性淋巴結炎及周圍組織炎癥反應。淋巴結高度充血、出血受累淋巴結可互相融合，周圍組織水腫、出血。淋巴結內含大量病菌及其毒素，進入血流引起全身感染、敗血癥及嚴重毒血癥狀。如病變不繼續發展，即成為臨床上的腺鼠疫。若病菌經血進入肺組織可產生繼發性肺鼠疫。再由呼吸道排出的病菌通過飛沫傳給他人又可引起原發性肺鼠疫。各型鼠疫均可引起繼發性敗血型鼠疫，極嚴重者可以皮膚、淋巴結或肺損害極輕，而迅速成為原發性敗血型鼠疫。鼠疫的基本病變是血管與淋巴管內皮細胞的損害及急性出血性壞死性變化。淋巴結皮質和髓質界限不清、呈凝固性壞死。鏡檢可見充血、水腫、出血、細胞退行性變性和壞死、炎癥細胞浸潤及細菌團塊等。肺鼠疫常呈支氣管性或大葉性，氣管支氣管黏膜極度充血，管腔內含血性泡沫狀漿液性滲出液。全身皮膚黏膜有出血點，漿膜腔常有血性滲出液，各器官組織均有充血、水腫、出血或壞死。[2]