大量研究證實原發性MPGN 10年腎存活率達60%～65%，而且各型MPGN病程及預后類似。腎病綜合征(大量蛋白尿)和出現腎間質病變是預后不良的主要征兆。臨床表現為持續性高血壓、GFR下降的腎病綜合征預后差。發病年齡小預后良好；成年人發病者病變進行性加重，預后不良。腎小球系膜細胞增生、基底膜增厚與預后無明顯關系，而局灶性新月體形成的多少及間質改變的輕重程度與預后明顯相關，新月體形成及嚴重的腎小管間質病變預后差。約50%表現為腎病綜合征的病人10年內發展為ESRF，50%病人腎病綜合征持續數年后消失，腎功能正常。腎移植后，本病可再發，但小于10%病人導致移植腎喪失。接受糖皮質激素藥物、免疫抑制藥及抗凝藥物等聯合治療者，腎功能可保持穩定或得到較好改善。
總之，本病進入終末期腎病的個體差異比較大，Ⅰ型患者通常1/3可以自發緩解，1/3呈進行性發展，還有1/3疾病遷延進展緩慢，但一直不能完全緩解。
文獻資料中提示原發性Ⅰ型病變的預后不良因素有：高血壓，腎功能損害，腎病綜合征范圍的蛋白尿形成，腎活檢時發現細胞性新月體，合并動脈病變，有腎小管及間質的損害。
Ⅱ型較Ⅰ型的預后差這可能是由于Ⅱ型為致密物沉積疾病，腎活檢常會發現新月體和小管間質病變。Ⅱ型很少發生臨床緩解，兒童患者的臨床緩解率不足5%。患者通常在病程的第8～12年進入腎功能衰竭，Ⅱ型患者在做腎移植以后常常會復發，尤其是腎移植前活檢就發現有新月體改變的患者。Ⅰ型在腎移植后也可能出現再發，但是沒有Ⅱ型頻繁。