自身免疫性疾病的發生同自身抗體的產生密切相關，因此自身免疫性抗體的檢查對自身免疫疾病的診斷尤為重要。自身抗體檢查包括如下幾類。
1.抗核抗體譜
包括抗核抗體、抗DNA抗體、抗組蛋白抗體、抗非組蛋白抗體、抗核仁抗體、抗其他細胞成分抗體（如抗細胞質成分抗體、抗核包膜蛋白抗體、抗細胞周期抗原抗體等）等。
2.類風濕關節炎相關自身抗體譜
包括類風濕因子、抗角蛋白抗體、抗核周因子抗體、抗聚絲蛋白抗體、抗環瓜氨酸肽抗體、抗突變型瓜氨酸波形蛋白抗體、抗Sa抗體、抗RA33抗體、葡萄糖-6-磷酸異構酶等。
3.抗磷脂抗體譜
包括抗心磷脂抗體、狼瘡抗凝物、抗凝血酶原抗體、抗β2-糖蛋白1抗體、抗磷脂酰絲氨酸抗體、胎盤抗凝蛋白等。
4.抗中性粒細胞胞質抗體譜
包括抗蛋白酶3抗體、抗髓過氧化物酶抗體、抗中性粒細胞彈性蛋白酶抗體、抗中性粒細胞組織蛋白酶G抗體、抗殺菌/通透性增高蛋白抗體、抗乳鐵蛋白抗體、抗溶菌酶抗體等。
5.自身免疫性肝病相關自身抗體譜
包括抗平滑肌抗體、抗肝腎微粒體抗體、抗可溶性肝抗原抗體、抗肝細胞胞質1型抗體、抗去唾液酸糖蛋白受體抗體、抗線粒體抗體、抗gp210抗體、抗Sp100抗體等。
6.其他抗體
包括抗唾液腺導管抗體、抗α-胞襯蛋白抗體、抗毒蕈堿受體3抗體、抗內皮細胞抗體、抗腎小球基膜抗體、抗C1q抗體等。
自身抗體檢查的方法有多種，包括間接免疫熒光法、酶聯免疫吸附試驗、放射免疫法、免疫印跡法、免疫沉淀法、斑點雜交等，每種抗體檢測可使用一種或幾種方法進行檢測，應根據患者病史及癥狀選擇恰當的檢查。健康人中也可有部分抗體呈陽性，故自身抗體檢查不能單獨作為診斷依據，需要結合臨床表現、病史及其他檢查進行診斷。