AIH的預后差異較大，未經治療的患者可緩慢進展為肝硬化，或發展為急性、亞急性、暴發性肝病，最終以各種并發癥而死亡。回顧性分析表明嚴重的AIH患者如果不治療3年的生存率為50%，5年為10%。治療后患者20年的生存率達80%，其壽命與性別、年齡相匹配的正常健康人群無明顯差別。無癥狀者、攜帶HLA-DR3者對預后相對較好。早期診斷并給予恰當的治療是改善預后的重要手段。
