trp操縱子轉錄起始的調控是通過阻遏蛋白實現的。產生阻遏蛋白的基因是trpR，該基因距trp operon基因簇很遠。它結合于trp 操縱基因特異序列，阻止轉錄起始。但阻遏蛋白的DNA結合活性受Trp調控，Trp起著一個效應分子的作用，Trp與之結合的動力學常數為1～2 ×10 -5mol·L-1。在有高濃度Trp存在時，阻遏蛋白 -色氨酸復合物形成一個同源二聚體，并且與色氨酸操縱子緊密結合，因此可以阻止轉錄。阻遏蛋白-色氨酸復合物與基因特異位點結合的能力很強，動力學常數為2 ×10 -10mol·L-1，因此細胞內阻遏蛋白數量僅有20～30分子已可充分發揮作用。當Trp 水平低時，阻遏蛋白以一種非活性形式存在，不能結合DNA。在這樣的條件下，trp操縱子被RNA聚合酶轉錄，同時Trp 生物合成途徑被激活。