01
樣品或色譜柱污染
新是柱子剛開始使用時沒有出現問題，在使用一段時間后出現數個色譜峰重疊在一起形成多個分叉，這時可以嘗試用流動相沖洗柱子，沖洗時間宜慢不宜快。如果排除柱子問題，則要看樣品有沒有被污染等，混入了別的藥物組分也會造成上面的現象。
02
溶劑效應
在反相液相色譜中，如使用
100%
有機溶劑或強溶劑大體積進樣時，將使分析物過早被洗脫出色譜柱，導致峰變形。如需解決這個問題可以對分析物進行蒸發濃縮，使進樣體積減少。或者進樣溶劑改為用流動相稀釋，即使進樣體積較大也不會出現峰變形。較早流出的峰或靠近溶劑前沿的峰更容易出現拖尾。這時可以改變流動相的比例，提高水相可以延緩出峰時間來解決問題。
03
色譜柱過載
既然過載就可以試著減少進樣量。當進樣量超過柱子的容量，樣品峰會呈現分叉或拖尾，總之峰型不好看。簡單的解決方法就是減少進樣量。在使用小體積色譜柱時這種問題表現得更為明顯，所以色譜柱方法從常規250mm或150mm長色譜柱轉化到體積較小的高效分析柱時，進樣量要按照柱體積的減小的比例而減小。
04
色譜柱塌陷
由于柱塌陷引起的峰分叉，基本不可能修復，如果流動相8<PH<2或在色譜柱PH耐受范圍臨界點附近長時間使用，是比較容易造成硅膠填料溶解塌陷的，會看到色譜圖的每個峰峰型都會發生變化，如峰拖尾，加寬或分叉。這時最好的方法就是換柱子了。
05
色譜柱兩個接頭沒有安裝好。
把兩個色譜柱接頭盡可能的連接入色譜柱。如果色譜柱在使用過程中發現每個峰的峰形都出現問題，先考察是否有連接問題，管線可能太長或太短等這種情況可能導致滲漏或峰分叉/拖尾，如果管線太長，密封圈位置不當，將發生滲漏，如果管線推出的距離不夠，將會產生一段死空間，形成混合腔，導致柱外體積，使峰形變壞，如果您使用的是不同廠商的色譜柱，一定要確保使用正確的接頭，并保證色譜柱末端接頭位置正確。
06
色譜柱性能下降
在使用色譜柱時，會用其分析各種各樣的目標物、使用各種流動相并分離不同的樣品基質，經過長時間的使用，色譜柱會受到這些物質的影響發生一些微小的變化，從而引起峰分叉、拖尾或保留時間的改變。在使用新色譜柱時應該保留其初次測試樣品的色譜圖尤為重要，使用一段時間后進行比較就能發現性能上的變化。如果分離度下降導致不能進行良好定量，這根色譜柱就應該更換了。
07
柱前篩板部分堵塞
樣品的前處理很重要，像血漿樣品如果沒有處理好長期分析時，如果沒有保護柱或在線柱前過濾器，顆粒物和強吸附物很可能在柱入口篩板發生堵塞，同時伴隨著壓力升高，解決辦法一般是色譜柱反沖。但色譜柱反沖需謹慎，弄不好柱子就廢了。可以把連接液相的那端拆開，把過濾器取出來超聲洗干凈或者用流動相緩慢沖洗柱子。這樣做問題一般能解決。