1.艾森曼格綜合征的女性患者應該注意避孕，盡量避免懷孕，一旦懷孕應該早期終止妊娠。
2.艾森曼格綜合征患者是手術的禁忌癥，該病癥為慢性病，同高血壓、糖尿病類似，需要長期持續的藥物治療，通過藥物治療可以達到延長患者壽命、改善生活質量的目的，是這些患者的理想治療方案。
3．對于存在重度肺動脈高壓，處于邊緣狀態的患者，應行心導管檢查及急性肺血管擴張試驗來判斷有無手術指征。有手術指征的病人可以通過外科手術或內科介入手術方法治療，暫時無手術指征的病人可以通過一段時間的靶向藥物治療后，再做心導管評價心肺功能、肺阻力和手術指征。
4.術前合并有重度肺動脈高壓的先心病患者，術后仍然可能殘留肺動脈高壓，所以術后的抗肺動脈高壓的治療依然非常重要，一定要檢查定期隨診，按時服藥治療。