芽孢桿菌產生的抗菌物質具有廣譜殺菌活性，對與食品有關的多種革蘭氏陰性菌和陽性菌均有較強的殺菌作用，并且一般具有良好的熱穩定性，可用于防止熱加工食品過程中其他細菌的污染，也可用于防止巴氏殺菌后的再污染，還可用于食品發酵過程中的雜菌污染。另外，部分種類芽孢桿菌產生的L-賴氨酸可用于食品添加劑。芽孢桿菌還可用于發酵食品，我國利用凝結芽孢桿菌低鹽腌漬雪里蕻。
