神經系統不良反應：常見的有眩暈、頭痛，嚴重時可能出現眼球震顫、共濟失調、語言不清和意識模糊。這些癥狀通常與藥物劑量相關，并可通過調整劑量或停藥來緩解。
消化系統反應：包括惡心、嘔吐，尤其是長期服用后或血藥濃度達30μg/ml時更為常見。服用苯妥英鈉后建議飯后服用以減輕這些癥狀。
齒齦增生：這是兒童中較為常見的副作用，因為兒童對該藥物的吸收率較高。因此，在使用苯妥英鈉期間需要加強口腔衛生和按摩齒齦。
過敏反應：包括皮疹伴高燒，罕見嚴重的皮膚反應如剝脫性皮炎、多形糜爛性紅斑等。一旦出現這些癥狀，應立即停藥并尋求醫療幫助。
造血系統影響：可能導致粒細胞和血小板減少，罕見再障；巨幼紅細胞性貧血可以通過葉酸和維生素B12防治。
其他副作用：包括影響肝臟和腎臟功能、過敏反應、發熱、皮疹等。如果出現嚴重的副作用，如肝臟問題的跡象（如尿色發暗、大便色淡、食欲缺乏等）、腎臟問題的跡象（如無法排尿、排尿量發生變化、尿中帶血等）、嚴重的肌肉疼痛、肢體抽搐不受控制等，應立即停藥并就醫。