最理想的電鏡工作狀態，應該是使電子槍、各級透鏡與熒光屏中心的軸線絕對重合。但這是很難達到的，它們的空間幾何位置多多少少會存在著一些偏差，輕者使電子束的運行發生偏離和傾斜，影響分辨力；稍微嚴重時會使電鏡無法成像甚至不能出光（電子束嚴重偏離中軸，不能射及熒光屏面）。為此電鏡采取的對應彌補調整方法為機械合軸加電氣合軸的操作。
機械合軸是整個合軸操作的先行步驟，通過逐級調節電子槍及各透鏡的定位螺絲，來形成共同的中心軸線。這種調節方法很難達到十分精細的程度，只能較為粗略地調整，然后再輔之以電氣合軸補償。
電氣合軸是使用束取向調整器的作用來完成的，它能使照明系統產生的電子束做平行移動和傾斜移動，以對準成像系統的中心軸線。束取向調整器分槍（電子槍）平移、傾斜和束（電子束）平移、傾斜線圈兩部分。前者用以調整電子槍發射出電子束的水平位置和傾斜角度；后者用以對聚光鏡通道中電子束的調整。均為在照明光路中加裝的小型電磁線圈，改變線圈產生的磁場強度和方向，可以推動電子束做細微的移位動作。
合軸的操作較為復雜，不過在合軸操作完成后，一般不需經常調整。只是束平移調節作為一 個經常調動的旋鈕，放在電鏡的操作面板上，供操作者在改變某些工作狀態（如放大率變換）后，將偏移了的電子束亮斑中心拉回熒光屏的中心，此調節器旋鈕也稱為“亮度對中”鈕。