非特異性干擾：FICA可能受到樣品中非特異性物質的干擾，影響檢測結果的準確性。
熒光猝滅：熒光信號可能因多種原因而減弱，稱為熒光猝滅，這可能導致信號減弱和靈敏度降低。
需要特殊設備：FICA需要特殊的熒光檢測設備，如熒光顯微鏡或熒光酶標儀。
背景噪音：可能會有一定的背景熒光，影響檢測結果的準確度和靈敏度。
穩定性問題：某些熒光標記的穩定性可能不如其他標記物，如酶標記。
操作復雜性：對于某些FICA技術，操作過程可能相對復雜，需要專業的技術人員。
成本：在某些情況下，FICA的試劑和設備成本可能高于其他免疫測定方法。
樣本處理：樣本可能需要特別的處理以減少背景信號和提高檢測的準確性。
數據解釋：結果的解釋可能需要專業知識，以避免誤讀。