熒光染料標記的肽和寡核苷酸是生化和細胞研究中的重要工具，目前熒光肽和寡核苷酸已廣泛用于所有主要類型的熒光成像中，包括熒光共振能量轉移（FRET），這些標記的生物分子被廣泛用于基于分子信標和其他技術的傳染病診斷。FRET肽和寡核苷酸也已通過熒光相關細胞分選（FACS）用于細胞分析，用于體內或體外的研究和診斷目的。
肽和蛋白質分子量計算器：
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用于熒光標記染料
根據肽/寡核苷酸的序列，可以通過共價鍵將熒光染料在特定點連接至肽/寡核苷酸。染料和肽/寡核苷酸之間的連接是共價鍵，在大多數生物學條件下較穩定且不會被破壞。在某些情況下，在染料和肽/寡核苷酸之間引入功能性接頭來使肽/寡核苷酸生物活性改變最小，對于所有的肽/寡核苷酸標記，染料都必須連接在確定的位置。通常，優選的熒光標記應具有高的熒光量子產率并保留未標記生物分子的生物學活性。
v我們為大家提供了多種類型熒光標記染料，便于染料與用于生物學研究的肽/寡核苷酸的結合，這些熒光染料包括香豆素，熒光素，羅丹明和花青素，其中，我們的Tide Fluor?，California Red?，SunRed?和Helix Fluor?染料經過優化，可標記肽和寡核苷酸。
花青素染料家族和其他經典染料
圖1.將 HeLa細胞與tubulin抗體孵育，然后與Cy5?山羊抗小鼠IgG偶聯物（紅色）一起孵育。細胞核用Hoechst 33342（藍色，Cat# 17530）染色。
盡管現代染料（例如iFluor?染料）通常用于更具挑戰性的生物學應用，但經典的熒光標記染料有時因其較低的成本而非常適用于某些要求不高的應用。在經典的標記染料中，cyanines是最受歡迎的選擇之一，其他染料包括FAM，TAMRA和TexasRed?，也都可以用于偶聯肽和寡核苷酸。
花青素染料家族和其他用于熒光標記染料的經典染料：
| 花青染料 | 激光 | Ex / Em（nm） | 濾光片組 | 消光系數（ε） | 量子產率（Φ） |
| Cy3 | 532 nm | 554/568 nm | Cy3 / TRITC | 150,000 | 0.15 |
| Cy5 | 633-647 nm | 650/669 nm | Cy5 | 250,000 | 0.27 |
| Cy7 | 730 nm | 754/778 nm | Cy7 | 250,000 | 0.3 |
Tide Fluor?系列染料
Tide Fluor?染料經過優化，可作為開發FRET寡核苷酸和肽的基礎，我們的Tide Fluor?染料比香豆素，熒光素，羅丹明和花青素等經典標記染料具有更強的熒光，更高的光穩定性。
用于熒光標記的Tide Fluor?系列染料：
| 貼標染料 | Ex（nm） | Em（nm） | 消光系數（ε） | 量子產率 | CF260 | CF280 |
| Tide Fluor?1 | 345 | 442 | 20000 | 0.95 | 0.246 | 0.187 |
| Tide Fluor?2WS | 502 | 525 | 75000 | 0.9 | 0.211 | 0.091 |
| Tide Fluor?2 | 500 | 527 | 75000 | 0.9 | 0.288 | 0.201 |
| Tide Fluor?3WS | 555 | 565 | 150000 | 0.105 | 0.079 | 0.079 |
| Tide Fluor?3 | 555 | 584 | 85000 | 0.85 | 0.331 | 0.201 |
| Tide Fluor?4 | 590 | 618 | 90000 | 0.91 | 0.489 | 0.436 |
| Tide Fluor?5WS | 649 | 664 | 250000 | 0.25 | 0.023 | 0.027 |
| Tide Fluor?6WS | 676 | 695 | 220000 | 0.18 | 0.111 | 0.009 |
| Tide Fluor?7WS | 749 | 775 | 275000 | 0.12 | 0.009 | 0.049 |
| Tide Fluor?8WS | 775 | 807 | 250000 | 0.08 | 0.103 | 0.109 |
CF260是染料在260 nm處的校正因子，用于消除染料對260 nm處的吸光度的影響（用于寡核苷酸和核酸標記）
CF280是染料280 nm處的校正因子，用于消除染料對280 nm處的吸光度的影響（用于肽和蛋白質標記）
其他系列染料
我們的California Red?，Sunnyvale Red?和Helix Fluor?染料非常適合對寡核苷酸和肽進行強大，高效的標記。這些系列具有改進的性能和亮度，仍然與傳統的熒光標記染料（例如FAM，TET，VIC，JOE，NED，TAMRA和ROX）檢測平臺兼容。
其他熒光標記系列染料：
| 貨號 | 產品名稱 | Ex（nm） | Em（nm） | 規格 |
| 250 | Helix Fluor?545，琥珀酰亞胺酯 | 525 | 545 | 1mg |
| 251 | Helix Fluor?575，琥珀酰亞胺酯 | 546 | 575 | 1mg |
| 394 | Sunnyvale Red?SE *替代6-ROX * | 576 | 605 | 5mg |
| 473 | California Red? SE | 583 | 603 | 5mg |
| 479 | California Red? SE | 583 | 603 | 1mg |
不用于熒光標記的染料
蛋白酶參與許多生理過程， 蛋白酶的檢測和特定蛋白酶抑制劑的篩選對于發現用于治療和管理蛋白酶相關疾病的潛在藥物至關重要，各種供體和受體分子（熒光的或非熒光的）附著在肽/蛋白質上（形成內部淬滅的結合物），并根據氨基酸序列用于檢測蛋白酶。精心選擇供體和受體分子，使受體的激發波長與供體發射波長重疊，從而確保熒光通過共振能量轉移而淬滅，底物的酶水解導致供體和受體分子的空間分離，從而恢復供體熒光。