優點：靈敏度高，可以用于掃描液相熒光標記物所發出的熒光光譜，不但可以做一般的定量分析, 而且還可以推斷分子在各種環境下的構象變化, 從而闡明分子結構與功能之間的關系。缺點：1、熒光的光強并不高，所以呈線性情況有時不很理想；2、某些反應熒光持續的時間較短；3、熒光的發散方向不集中，不像透射光那樣集中，強度高；4、受某些離子的干擾影響，熒光會湮滅，試驗速度必須要快。
