qPCR儀包括光路系統、檢測器、熱循環模塊和分析軟件。
常用的熒光激發方式有三種
激光
激光是純粹的單色光，用來做熒光染料的激發光強度超級高而且基本上沒有背景干擾，但激光光源的價格也和性能一樣高高在上，市場上只有最高端的定量PCR設備才會使用激光光源，價格和性能都令我們絕大多數的普通用戶高山仰止。
鹵鎢燈
相對于中低端設備使用的單色LED而言，鹵鎢燈或者氙燈的價格比較貴，需要定期維護和更換，但激發光的光譜范圍比較寬，相對光強也較強。過去鹵鎢燈一般都會在中高端定量設備中配合冷CCD檢測器使用，近年來隨著白光LED技術的發展，因壽命長和良好的性能表現，逐步登上并占據了定量PCR的硬件舞臺。
LED
單色LED光源成本低、壽命長，使用期間基本無需維護，目前在中低端定量PCR市場中幾乎占據了統治地位；近幾年發展起來的白光LED兼具鹵鎢燈光譜范圍寬和LED性能穩定壽命上的優點，在中高端定量PCR儀中使用較多，但需要注意的是各個廠商所使用的白光LED性能各異，有些劣質LED的光譜范圍不夠平均，就會導致某些特定激發通道的光強明顯低于其他通道。
在定量PCR設備中主要使用濾光片進行單色濾光，光柵型單色系統在定量PCR設備中比較少見。
定量PCR設備使用的熒光檢測元件常見的也有兩種，光電倍增管（PMT）和CCD/CMOS芯片，PMT多用于中低端設備，使用掃描檢測模式，在靈敏度上PMT幾乎可以達到CCD/CMOS檢測的同等水平，但由于光電倍增的工作原理，使用PMT檢測一般背景噪音會相對較高，信號基線不夠穩定，尤其在孔間和板間重復性上表現明顯弱于CCD類型的檢測設備。CCD/CMOS價格比較高，一般用于中高端定量PCR設備，使用CCD/CMOS檢測的設備一般在孔間重復性上明顯好于掃描設備，復孔之間的實驗結果相對偏離會較小。
目前市場上還有一些使用光電二極管（PDT）進行檢測的定量設備，這種檢測元件在成本上與PMT相當，檢測結果的背景噪音低于PMT設備，但由于信號放大過程后置，所以檢測靈敏度要低于使用PMT和冷CCD的設備，直接的表現就是相同樣本檢測的時候Ct值出得會比較大。
關于光路系統另一個重要考慮因素就是檢測通道數。定量PCR設備通過不同的激發和發射濾光片組合，可以同時檢測多種不同的熒光染料，也就是我們所說的檢測通道數。
市場上常見的定中低端熒光定量PCR儀一般會提供2-3個檢測通道，高端設備一般都具有5-6個檢測通道，我們在選擇通道數量時應該根據自己的實際使用需要來進行選擇。對于實驗條件和對象經常變化的研究型實驗室來說，多通道不但意味著可以同時進行多重實驗，也同時提供了極高的染料和方法適應能力。